Rautjärven kunnan jätehuoltoviranomaisena toimii Etelä-Karjalan jätehuoltoviranomainen. Etelä-Karjalan jätehuoltoviranomainen hoitaa jätehuollon viranomaistehtävät koko maakunnan alueella ja asukkaat voivat lähestyvät viranomaista mm. halutessaan poiketa jätehuoltomääräyksistä tai hakiessaan muutosta jätemaksuihin.
Jätenhuollon palvelut järjestetään Rautjärvellä ostopalveluna Etelä-Karjalan jätehuollolta.