Kunnan toimintaa ohjataan kunnanvaltuuston hyväksymän kuntastrategian asettamien päämäärien sekä siitä johdettujen talousarviotavoitteiden kautta. Lisäksi kunnanvaltuusto ohjaa toimintaa erilaisten kehittämisohjelmien ja -strategioiden avulla. Rautjärven uusi kuntastrategia on parhaillaan valmisteilla. Kunta laatii kalenterivuosittain tilinpäätöksen ja toimintakertomuksen. Tilinpäätöksen tulee antaa oikea ja riittävä kuva kunnan ja kuntakonsernin talouden tilasta sekä kertoa valtuuston vahvistamien määrärahojen toteutumasta. Toimintakertomuksessa tulee kuvata erityisesti toiminnassa ja toimintaympäristössä tapahtuneet muutokset ja poikkeamat sekä raportoida kunnanvaltuuston asettamien sitovien tavoitteiden toteutumisesta. Kunnanvaltuuston vahvistamien tavoitteiden ja päätösten toteutumista arvioi tarkastuslautakunta, joka antaa vuosittain arviointikertomuksen. Tilintarkastaja laatii tilintarkastuskertomuksen, johon liittyvistä toimenpiteistä tarkastuslautakunta tekee esitykset kunnanvaltuustolle.